結論:GitExtensionsの設定で「フェッチと共にリモートブランチをプルーン」を適用すると解決。(設定>Git>高度な設定)
GitExtensionsでブランチ切り替えするとき、リモートブランチ一覧に削除されたリモートブランチが消えずに残ってる。
JIRAでブランチを作成した後、ローカルでブランチを切り替えるときに選びづらくてしょうがなかった。
そもそも、普通にフェッチしただけだと、削除されたリモートブランチはローカルからは消えてくれないらしい。
削除したい場合はプルーンというオプションをつける必要がある。
git fetch --prune
参考:Gitのリモートブランチを削除するまとめ - Qiita
GitExtensionsで「フェッチと共にリモートブランチをプルーン」という設定を適用すると、削除されたリモートブランチが消えてくれた。